Le climat est chaud toute l'année, mais très variable en ce qui concerne les pluies. La côte ouest est beaucoup moins pluvieuse que la côte est et dans la région de Nosy Be la saison sèche s'étend de mai à octobre. Mais même durant la saison des pluies Nosy Be garde un ensoleillement important. La saison cyclonique s'étend de mi-janvier à début mars. Les températures sur Nosy Be varient de 28°C à plus de 32°C tout au long de l'année et la température de l'eau varient de 24°C à 28°C.